New publication: “Introducing the vectorial Kappa: an index to quantify congruence between vectorial mosaics”

With Mathieu Castets, Jules Morel and Cédric Gaucherel, we extended Cohen’s Kappa to directly calculate the Kappa index between two vectorial landscapes. We thus: i) skip the rasterization step; ii) obtain the exact Kappa.

This short paper have been published in Ecological Indicators. It comes with an R package and a Java utility. Code + softs are available on my GitHub page and detailed here.

 

 

MORPH2015

I’ll :

  1. give a plenary talk about Momocs + modern morphometrics for the origins of agriculture in the Fertile Crescent;
  2. chair a session

of MORPH2015 “a one-day conference on the archaeological applications of morphometrics”. It will be held in Southampton (UK) on the 28th May 2015 and is organized by Christian Hoggard and Sarah Stark.

New publication: “Connecting people and ideas from around the world: global innovation platforms for next-generation ecology and beyond”

A collective paper, led by Peter Søgaard Jørgensen, and about INNGE have been published in Ecosphere.

If you are an ecologist and haven’t heard of INNGE yet, have a look to our website!

The abstract follows:

We present a case for using Global Community Innovation Platforms (GCIPs), an approach to improve innovation and knowledge exchange in international scientific communities through a common and open online infrastructure. We highlight the value of GCIPs by focusing on recent efforts targeting the ecological sciences, where GCIPs are of high relevance given the urgent need for interdisciplinary, geographical, and cross-sector collaboration to cope with growing challenges to the environment as well as the scientific community itself. Amidst the emergence of new international institutions, organizations, and meetings, GCIPs provide a stable international infrastructure for rapid and long-term coordination that can be accessed by any individual. This accessibility can be especially important for researchers early in their careers. Recent examples of early-career GCIPs complement an array of existing options for early-career scientists to improve skill sets, increase academic and social impact, and broaden career opportunities. We provide a number of examples of existing early-career initiatives that incorporate elements from the GCIPs approach, and highlight an in-depth case study from the ecological sciences: the International Network of Next-Generation Ecologists (INNGE), initiated in 2010 with support from the International Association for Ecology and 20 member institutions from six continents.


Peter Søgaard Jørgensen, Frederic Barraquand, Vincent Bonhomme, Timothy J. Curran, Ellen Cieraad, Thomas G. Ezard, Laureano A. Gherardi, R. Andrew Hayes, Timothée Poisot, Roberto Salguero-Gómez, Lucía DeSoto, Brian Swartz, Jennifer M. Talbot, Brian Wee, and Naupaka Zimmerman 2015. Connecting people and ideas from around the world: global innovation platforms for next-generation ecology and beyond. Ecosphere 6:art68. http://dx.doi.org/10.1890/ES14-00198.1

 

New R package: eigenfaces

Eigenfaces are pretty cool! Good news: they are now available for R!

You can download the package from my GitHub page. It comes with a minimal vignette. I’ll release a version on CRAN at some point. Your comments are more welcome.

It tends to be a plugin for Momocs since it both takes profit of it and extends it.

Below an example on the PC1 of the “pain” dataset. The .gif below mixes angry and happy faces, that’s why it looks like an horror film.

You can also check:

 

eigenfaces

Gazette n°4

Une livraison de Gazette issue de mes formations à la vulgarisation, pour le compte du Collège doctoral Sud de France.

Voici la Gazette n°4 avec encore un joli menu :

  • Les super-réseaux pour détecter le super-lointain par Rémi Rossignol
  • L’effet de la simplicité sur la gestion de portefeuille de projets d’innovation par Peter Bou Saba
  • Les gonalgies, c’est le pied ! par Sébastien Moyne-Bressand
  • Des microbes pour aider à nourrir le monde par Adeline Becquer
  • Pesticides : consommez avec modération ! par Oussama  Mghirbi
  • L’eau de forage, poison des populations au Burkina Faso par Awa Gueye
  • Nouvelle approche pour la mesure de la pression artérielle par Amir Benmira
  • Etre malade soigne du cancer par Camille Jacqueline
  • Et si la chimie n’existait pas ? par Doria Voisin
  • Quelle récupération pour Rio ? par Rachel Borne
  • Fini les secrets, l’imagerie dévoile les pensées par Loubna Drissennek.

Merci à tou-te-s les participant-e-s pour leur enthousiasme et d’avoir joué le jeu ! Bonne lecture !

Download (PDF, 381KB)

 

Gazette n°3

Une livraison de Gazette issue de mes formations à la vulgarisation, pour le compte du Collège doctoral Sud de France.

Voici la Gazette n°3 et son joli programme :

  • La distribution des aides agricoles de la nouvelle PAC en France : l’argent est-il dans le pré ? par Pauline Lecole
  • RSE… vous avez dit Responsabilité Sociale de l’Entreprise ? par Hajar El Bahri
  • Objectif Mars : alerte aux radiations par Axel Rodriguez
  • Entre liquide et solide, l’étonnante mécanique du tas de sable par Paul Schuhmacher
  • Rencontre avec un physicien médical par Joël Greffier
  • Adaptez votre micro-nutrition pour obtenir de macro-performances par Jonathan Maury
  • Mamie a du sex-appeal par Charlotte Perrot
  • Irradier ou ne pas irradier ? Trouver un compromis par Francesco Macri
  • 10 bonnes raisons de laisser les enfants jouer aux jeux vidéo par Antoine Chollet
  • La presse, le pouvoir et l’empire par Fatma Zohra Hamrat
  • Bouger son tronc c’est perdre la fonction du bras par Karima Bakhti
  • La découverte des nouveaux échangeurs d’anions par Ut Dong Thach
  • Traduire ou trahir ? par Asmaa Aoujil
  • La recherche médicale, schizophrénie planétaire par Victoria Sparta.

Merci à tou-te-s les participant-e-s pour leur enthousiasme, et bonne lecture.

Download (PDF, 391KB)

 

Mindmap formation à Montpellier, PRES, 21-23 octobre 2014

Voilà la carte mentale de la désormais traditionnelle question : “Vulgariser : pour ou contre ?”. La question est volontairement absurde, dans l’espoir d’en aborder tous les aspects et pas seulement ceux convenus. Pas de jeu des six chapeaux cette fois mais pour autant, on retombe sur les mêmes problématiques, et à peu près dans le même ordre que les autres cartes mentales.

Les productions des auteur-e-s arrivent dans un prochain post.

Vulgariser-211014

Formations automne/hiver 2014

Le calendrier des formations à venir. Les seuls créneaux restant sont pour la formation à la vulgarisation scientifique, qui vient d’ouvrir, et prévue en novembre.

  • Bien commencer avec R – UMR CBAE et ISEM – octobre 2014
  • Bien commencer avec R – Collège doctoral de Montpellier – octobre 2014
  • Vulgarisation scientifique – Collège doctoral de Montpellier – octobre 2014
  • Vulgarisation scientifique – Collège doctoral de Montpellier – novembre 2014
  • Morphométrie avec R et Momocs – UMR CBAE et ISEM – novembre 2014
  • Statististics using R – Dept. of Archaeology, Sheffield – décembre 2014

New publication: “Honey Pollen: Using melissopalynology to understand foraging preferences of bees in tropical south India”

I’m very (very) happy to announce that a paper by Ponnuchamy R et al. has been published in PLoS ONE and freely available for download.

I have been implied in this paper while at the French Institute of Pondicherry, during the PhD of my friend and colleague Sir/Dr Ponnuchamy.

You can find the paper there.

Gazette n°2

Voici la Gazette n°2, issue de la compilation des scripts des valeureuses et valeureux candidats à l’édition Languedoc-Roussillon du concours “Ma thèse en 180 secondes”, à l’issue d’une formation à la vulgarisation. Du beau boulot !

Merci à eux et bonne lecture !

  • Analyser les émotions sur les forums de médecine par Amin Abdaoui
  • Causes alternatives de la BPCO par François Alexandre
  • Prévenir l’apparition du diabète par Cacylde Amouzou
  • Sciences participative et philosophie des sciences par Guillaume Bagnolini
  • Une algue bleue à la rescousse du traitement du cancer par Louis Bornancin
  • Ma relation avec REDD1 par Florian Britto
  • Analyse automatique du bois des arbres par Guilhem Brunel
  • Arrondi et programmes informatiques par Nasrine Damouche
  • Objectif : zéro nouvelle infection par VIH par Coralie Daussy
  • Cent ans de représentation des Chinois dans la littérature populaire par Marion Decome
  • Le piège des pièges écologiques par Virginie Demeyrier
  • L’utilité des objets inscrits exposés par Léa Friis Alsinger
  • L’érosion : cause des séismes ? par Manon Genti
  • Produire de l’énergie grâce à des panneaux solaires spatiaux par Emmanuel Giudicelli
  • Cancer et bombardement aérien par Jérôme Lacombe
  • Culture de l’image, culture par l’image par Bénédicte Langlois
  • Barrer la route au VIH par Charlotte Mariani
  • Diminuer les risques liés au médicament par Tri-Long Nguyen
  • Du gras et des étoiles par Allan Pagano
  • Le recyclage des terres rares par Moussa Touré

Download (PDF, 377KB)

Momocs “Barley” towards version 1.0

As part of my post-doc in Sheffield, with Eleanor Stillman and Glynis Jones, I’m working hard on Momocs and a brand new version (v 0.9 – “Barley”) is available for testing, just type:

  library(devtools)
  install_github("vbonhomme/Momocs")
  library(Momocs)

In brief, changes from the last version include:

  • An unified framework and grammar. Which involved the almost complete rewriting of the package, but it’s now straightforward to switch between morphometrics methods.Most notably, iit “revolves” from S4 to S3, probably less orthodox but more user-friendly (and coder-friendly too). Also a roxygenized, richer, documentation.
  • Open outlines and configuration of landmarks. Also a long list of utilities to do many things on (x; y) coordinates, including global shape descriptions;
  • New graphics and multivariate methods. Graphics have been refreshed and many multivariate methods are here or on their way (PCA, LDA, MANOVA, MDS, Hierarchical clustering, K-means, Multivariate regressions, Regression trees, etc.).
  • Babel. A bunch of functions to import other formats;
  • Datasets. New datasets to play around;
  • Tutorials. A new and extended version of the package’s vignette: “A graphical introduction to Momocs and morphometrics using R” on its way. So far, you can have a look to the demos. See ?Momocs.

We always wanted to allow users to do all morphometrics in R, because it’s open-source, extendable and powerful.

For the version 1.0 (planned for September 2014) we aim at filling some gaps in methods/documentation, write some gorgeous tutorials and include everything landmarks. In brief, we are getting closer of a companion package to the bible of my friend Julien Claude, for free and open-source morphometrics in R.

 

ShakePeers est née !

Après 2 ans de réflexions, d’amour, d’erreurs, de palabres et de rencontres, bref 2 ans de vie, l’association qui va porter ShakePeers est née le 26 avril 2014, rue Dagorno, sur des canapés et des poufs, et sera incubée par Plume! et Animafac pendant trois ans.

L’idée ? Explorer un modèle de vulgarisation scientifique libre (les contenus sont modifiables, réutilisables, gratuitement), ouverte (à tou-te-s, et dans la construction) et collaborative (nous sommes tous pairs). Bref, secouer le cocotier du peer-reviewing.

Pour l’instant, le site est toujours en bêta et nous travaillons derrière le rideau sur un système de review façon “track changes” mais dans sur une base Mediawiki. Vous pouvez déjà aller y fouiner et proposer des articles. Tout, code y compris, sera sous licence libre (CC by-sa), et vous pourrez monter votre chaîne éditoriale pour un journal académique, associatif, etc. de votre côté.

Deux brouillons d’idée ici (juin 2012) et là (fev. 2013). Avec les coquilles, ça fait plus authentique.

Naturellement à suivre.

Post-doc in UK

I’m very happy to start a post-doc in morphometrics and (paleao)-botany at the University of Sheffield, at the School of Mathematics and Statistics, with Eleanor Stillman and Glynis Jones.

The opportunity to study early domestication of crops, through modern morphometrics on the shape of their archaeological remains.

The opportunity to continue develop Momocs, integrate analysis of open outlines and landmarks, and also some tools for the so-called “traditional morphometrics”. I also plan to partly rewrite the code, write more and better tutorials.

To be continued…

New publication : “Momocs: Outline Analysis using R”

I’m very happy to announce that the companion paper of Momocs has been accepted in Journal of Statistical Software. Their team did an amazing job for our paper and, in a much larger extent, for the journal and the Foundation for Open Access Statistics.

It comes with morphometrics on beer and whisky bottles, big hearts, and peace dove 😉

Bonhomme V, Picq S, Gaucherel C & Claude J. Momocs: Outline Analysis using R. To be published in Journal of Statistical Software.

We introduce here Momocs, a package intended to ease and popularize Modern Morphometrics with R, and particularly outline analysis, which aims to extract quantitative variables from shapes. It mostly hinges on the functions published in Modern Morphometrics using R by Claude (2008). From outline extraction from raw data to multivariate analysis, Momocs provides an integrated and convenient toolkit to students and researchers who are, or may become, interested in describing the shape and its variation. The methods implemented so far in Momocs are introduced through a simplistic case study that aims to test if two sets of bottles have different shapes.

Keywords: modern morphometrics, comparison of shapes, Fourier transforms, outline analysis, R.